자유를 꿈꾸며 어느 소년이 높은 건물의 난간에서 추락하는 일이 발생한다. 추락한 소년의 이름은 히로키 (전우주)로 IT 산업의 제왕인 토마스 신드라에 의해 미국으로 건너와 메사추세츠 공과대학에서 공부하며 인공 두뇌인 '노아의 방주'에 대해 연구 중이었다. 하지만 히로키가 추락한 날, 히로키 군의 컴퓨터에서 인공 두뇌, '노아의 방주'가 인터넷 회선을 통해 탈주하게 된다.

한편, 가상 체험 게임인 코쿤의 시연회에 초대 받은 코난 일행은 가상 게임의 시연 중 '노아의 방주'라는 인공지능 소프트웨어가 나타나 시스템을 점령한다. '노아의 방주'는 게임에 참석한 어린이들의 목숨을 건 게임을 제안하고, 코난은 게임에 참여한 아이들을 구하고 사건을 풀기 위해 영국 런던 셜록 홈즈의 세계에서 희대의 살인마 잭 더 리퍼를 뒤쫓는다.